时间：2022-12-31 17:34:38来源：法律常识
【裁判要旨】《民事案件诉讼时效规定》第3条第1款规定：“当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，但其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外”。当事人（被告）在案件第一次一审审理期间，并未就诉讼时效提出抗辩，其在该案已经过二审程序发回重审后再主张诉讼时效已经经过，依据不足。//
中华人民共和国最高人民法院
民 事 判 决 书
（2021）最高法民终489号
上诉人（一审原告）：山西南耀集团昌晋苑焦化有限公司。住所地：山西省长治市郊区西白兔乡南村村南。
法定代表人：申潞鹏，该公司董事长。
委托诉讼代理人：耿富明，山西耿诚律师事务所律师。
委托诉讼代理人：耿凡，山西耿诚律师事务所实习律师。
上诉人（一审被告）：山西三元煤业股份有限公司。住所地：山西省长治市五一路长安街56号。
法定代表人：张炳林，该公司董事长。
委托诉讼代理人：史竹敏，北京盈科（太原）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：温静，北京盈科（太原）律师事务所律师。
被上诉人（一审被告）：山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司。住所地：山西省长治市郊区堠北庄镇余庄村。
法定代表人：牛旭平，该公司总经理。
委托诉讼代理人：张玉梅，山西宇誉律师事务所律师。
上诉人山西南耀集团昌晋苑焦化有限公司（以下简称昌晋苑公司）、山西三元煤业股份有限公司（以下简称三元公司）因与被上诉人山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司（以下简称小常煤业公司）与公司有关的纠纷一案，不服山西省高级人民法院（2019）晋民初103号民事判决，向本院提起上诉。本院于2021年3月8日立案后，依法组成合议庭公开开庭进行了审理。昌晋苑公司委托诉讼代理人耿富明，三元公司委托诉讼代理人史竹敏、温静，小常煤业公司委托诉讼代理人张玉梅到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
昌晋苑公司上诉请求：1.撤销山西省高级人民法院（2019）晋民初103号民事判决第二项；2.确认昌晋苑公司、三元公司按实际出资比例，昌晋苑公司70%，三元公司30％进行分红（即2012年1月—8月昌晋苑公司取得小常煤业公司全部“所余税后利润”，2012年9月1日起至付清股权差价款3.15亿元止，按昌晋苑公司70%、三元公司30％对小常煤业公司“所余税后利润”分红）；责令小常煤业公司依法提供2012年1月—2020年3月“所余税后利润”，判决双方分红金额；3.判令三元公司退还昌晋苑公司2011年分红款1亿元，小常煤业公司向昌晋苑公司支付2011年分红1.03亿元；4.判令三元公司向昌晋苑公司支付30％股权转让款的延期支付违约金2146.5万元及同期贷款利息；5.一、二审诉讼费均由三元公司、小常煤业公司承担。事实和理由为：1.一审判决对昌晋苑公司的诉请未做全面审理，认定事实错误，适用法律错误。（1）一审判决对昌晋苑公司诉请要求确认的分红比例没有审理确认，二审法院应按实际出资比例确认分红比例。昌晋苑公司一审第二项诉请为，要求确认小常煤业公司的利润按昌晋苑公司70%(81773.629228万元）和三元公司30％实际出资比例享有，该诉请包含两个内容，确认利润分配比例和分红金额。一审判决仅以不具备利润分配条件为由驳回诉请，并未对要求确认的分红比例进行审理，而利润分配条件是否具备并不影响利润分配比例的确认。（2）根据各方举证质证，可以确认可供分配利润并判决分红金额。三元公司提交的“山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司2012年—2020年3月实现利润情况”，加盖小常煤业公司财务章，法定代表人牛旭平签字，昌晋苑公司认可，这是各方共同认可的经审计的可供分配利润，但一审判决却未体现，导致一审判决认定利润分配条件不具备，认定事实错误。（3）三元公司滥用股东权利，造成昌晋苑公司损失，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（四）》第十五条规定，股东滥用股东权利导致公司不分配利润的，给其他股东造成损失的，人民法院应当判决利润分配。一审判决驳回，属于适用法律错误。2.本案诉讼期间，因山西省政策原因，昌晋苑公司对诉请股比70%（或支付差价3.15亿元）进行变更，但同样系政策变化，发回重审期间，昌晋苑公司提出变更诉请却未得到支持。希望二审法院全面了解审查，充分保障昌晋苑公司的合法权益及判决与政策的一致性。3.三元公司应退还昌晋苑公司2011年分红款1亿元，小常煤业公司应向昌晋苑公司支付2011年分红1.03亿元。根据《补充协议书》，三元公司无权取得2011年分红。三元公司于2012年2月至8月支付对价4.5亿元，2011年三元公司既未实缴出资，也未认缴出资，三元公司取得分红违反《中华人民共和国公司法》第三十四条关于股东按实缴出资进行分红的规定。一审判决以《山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司第一届第一次股东会会议决议》（以下简称《一届一次股东会决议》）通过利润分配为由，驳回该诉请，存在矛盾。4.根据《补充协议书》第二条、第八条的规定，三元公司应向昌晋苑公司支付违约金2146.5万元及同期贷款利息。
三元公司辩称，1.一审法院关于对昌晋苑公司的诉请已做到全面审理，认定事实和适用法律均正确，对于一审判决第二项应予以维持。利润在未进行分配前，应归属于小常煤业公司，不存在提前“确认”利润归属的问题。对于2012年以后的利润，应由公司自治先行处理，不应在本案中直接确认，且小常煤业公司目前暂不具备利润分配条件。三元公司系继受取得小常煤业公司51%的股权，即使确认分红比例，也应该按照三元公司51%、昌晋苑公司49%进行确认。昌晋苑公司上诉请求“责令小常煤业公司依法提供2012年1月——2020年3月所余税后利润”，该上诉请求超出一审诉请范围，不应予以审理且不应得到支持。2.对于2011年的分红款，小常煤业公司全体股东对于2011年度利润分配形成了合意，均认可三元公司有权获取固定股利2.03亿元，小常煤业公司据此已经向三元公司支付履行的1亿元不应退还，一审法院对此认定事实正确、适用法律正确。分红是公司与股东之间的法律关系，即使三元公司应该退还分红，请求权主体也应该是小常煤业公司，昌晋苑公司不具备该项请求权。三元公司与昌晋苑公司已经通过《山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司关于安全生产经营管理及利润分配协议书》（以下简称《利润分配协议》）和股东会决议，对《补充协议书》中提到的利润分配问题，再次进行了明确和变更。昌晋苑公司要求返还分红款的诉请超过了诉讼时效。昌晋苑公司上诉请求“小常煤业公司向昌晋苑公司支付2011年分红1.03亿元”，该上诉请求超出一审诉请范围，不应予以审理且不应得到支持。3.昌晋苑公司主张的违约金不具备协议基础，案涉《补充协议书》未生效未被双方实际履行，双方之间对于股权转让款的具体支付时间并未明确约定，三元公司已经及时足额完成51%的对价支付，不应承担违约金。即使按照昌晋苑公司主张的协议依据，此项违约金的主张也已经超过诉讼时效。昌晋苑公司主张的违约金金额过高，且不应与利息损失同时主张。4.三元公司自2010年11月接管后为煤矿经营发展做了大量工作，不存在管理失误问题。5.昌晋苑公司在一审庭审辩论完成后再次申请变更诉讼请求，不具有法律依据。三元公司请求驳回昌晋苑公司的上诉。
小常煤业公司辩称，1.对昌晋苑公司要求确认的分红比例，应该按照实缴出资比例（70%、30%）分红。截至2020年12月末，小常煤业公司账面客观上存在巨额可分配利润，但该数字是否弥补亏损、提起法定公积金，一审法院未做调查，小常煤业公司财务人员均由三元公司派驻，二审法院应向小常煤业公司和三元公司调查确认。2.关于是否存在股东滥用权利导致无法分配问题，由人民法院审查认定。3.关于2011年分红款的问题，《一届一次股东会决议》与《补充协议书》约定不一，但《一届一次股东会决议》发生在《补充协议书》之后，且双方股东已经签字盖章确认，故同意一审的认定意见。4.对违约金及利息问题，不发表意见。5.对昌晋苑公司提到的山西省政策导致的诉请变化及当前“腾笼换鸟”政策，因未涉及上诉请求事项，对此不予答辩。
三元公司上诉请求：1.撤销（2019）晋民初103号民事判决第一项，改判驳回昌晋苑公司的该项诉讼请求；2.本案一、二审诉讼费均由昌晋苑公司承担。事实和理由为：1.一审法院将《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》作为双方股权转让的协议依据，系认定事实错误。（1）《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》均明确约定了协议的生效时间和生效条件，尤其是《煤矿资产转让协议》约定的转让范围包括采矿权，而这两份协议并未经过国土资源行政主管部门和国资监管部门的审批，该两份协议未生效。（2）《煤矿资产转让协议》《补充协议书》是双方在磋商过程中，对于资产收购形成的协议，购买的是纯实物资产，不需要承担债务，而三元公司最终购买的是小常煤矿改制成公司后的股权，还需要承担小常煤矿之前的债务。因此，不能将《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》作为双方股权转让的依据，更不能将实物资产价值等同于股权价值。（3）根据《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》的约定，以及山西省煤炭资源整合时期的要求，如《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》被实际履行，则需要先注销小常煤矿（现已改制为“小常煤业公司”）后，再以收购的实物资产出资新设立公司，但由于小常煤矿无法注销，因此《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》客观上无法继续履行，不能作为双方股权转让的协议依据。（4）双方之间关于股权转让的协议只有《长治市郊区小常煤矿转让协议书》，该协议与小常煤业公司现行有效的《山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司章程》是双方在重新组织评估后真实意思表示一致的结果，应作为最终确认双方权利义务的核心依据，一审法院对双方之间没有实际履行《长治市郊区小常煤矿转让协议书》的事实认定错误。2.一审法院认定“昌晋苑公司出资应占70%”与事实不符。目前三元公司持股51%、昌晋苑公司持股49%的比例不仅符合整合时期的强制性要求，更是双方实际出资情况，不存在昌晋苑公司出资应占70%的问题。双方真实出资情况与登记一致，也与小常煤业公司现行有效的《山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司章程》一致。自三元公司接管至今，双方始终按照51%和49%进行管理和运营，昌晋苑公司对此从未提出过异议。本次一审昌晋苑公司的诉讼请求中未对持股比例提出异议，一审法院不应对“出资比例”的问题进行判断。3.一审法院将资产转让意向金额15亿元作为股权转让总额错误，双方之间股权转让总价款应为8.3824亿元，三元公司支付比例已达51%。一审法院认为，《补充协议书》中没有约定交易价格要经国资委核准，是对《煤矿资产转让协议》中最终交易价格如何确定的变更，属事实认定错误，双方从未对15亿元就是最终交易价款达成合意。即使双方按照《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》确定交易价格，也应是核准后的8.3824亿元。如按15亿元计算，溢价款3.8亿元金额巨大，未得到行政主管部门或有权主体的核准，还高于实物资产本身的价格，更高于向国家缴纳的采矿权资源价款3.4472亿元，明显有违公平原则。4.昌晋苑公司向三元公司主张股权转让款已明显超过诉讼时效。2016年昌晋苑公司在起诉时的诉讼请求第一项，要求的是“确认双方出资比例为70%和30%”，该项诉讼请求属于确认之诉，不存在诉讼时效的问题。而本次发回重审的一审过程中，昌晋苑公司才将其诉讼请求变更为三元公司向其支付股权差价款3.15亿元，三元公司在一审答辩时即提出时效抗辩，符合法律规定，应当予以支持，且昌晋苑公司从未向三元公司主张过股权转让差价，甚至在原一审过程中仍要求的是确认比例。因此，一审法院关于时效的认定错误。
昌晋苑公司辩称，1.一审法院将《煤矿资产转让协议》《补充协议书》在内的系列证据作为认定案件事实的依据，认定事实清楚。《煤矿资产转让协议》只是三元公司单方意思表示，合同并未成立。而《补充协议书》则是对《煤矿资产转让协议》重要条款的重新拟定和变更，是一份独立的合同，相应权利义务应按《补充协议书》最终确定。《补充协议书》的履行不需要注销小常煤矿，昌晋苑公司已经将协议约定内容履行完毕，小常煤矿已被三元公司实质性接管，且2011年三元公司已取得小常煤矿的分红款。小常煤矿的工商登记仅是为了办理煤矿登记的需要，并非客观事实。2.一审法院对三元公司与昌晋苑公司持股比例认定为3:7符合客观实际，一审法院仅判令三元公司支付21%的股权差价，却对持股比例不予调整，客观上偏袒了三元公司。3.小常煤矿实际资产价值远高于15亿元，三元公司关于股权转让总价款为8.3824亿元的主张没有事实根据。4.本案不存在诉讼时效的问题。根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（三）》第十九条的规定，昌晋苑公司无论是要求确认出资比例，还是要求三元公司支付股权差价款3.15亿元，均未超出诉讼时效。昌晋苑公司请求驳回三元公司的上诉。
针对三元公司的上诉，小常煤业公司述称，1.《煤矿资产转让协议》一方未盖章签字不成立，《补充协议书》经各方签字盖章且已履行，是三元公司整合小常煤矿的核心依据。2.《补充协议书》约定15亿元，三元公司出资4.5亿元，故实际出资占股30%。三元公司主张小常煤矿整合价格是8亿余元，但未见双方书面约定。一审法院对小常煤矿15亿元资产及昌晋苑公司实际出资70%的事实认定清楚，应当维持。3.本案并未超过诉讼时效。综上，一审认定事实基本清楚，三元公司上诉不成立。
昌晋苑公司2016年10月14日向原审法院起诉请求：1.判令三元公司支付昌晋苑公司在小常煤业公司的21%股权的对价3.15亿元，或者按昌晋苑公司、三元公司的实际出资比例70%、30%，办理工商变更登记；2.判令小常煤业公司按照昌晋苑公司、三元公司70%与30%的实际出资比例，向昌晋苑公司支付2012—2015年度的分红款47307.061636万元；3.判令三元公司退还昌晋苑公司2011年分红款20300.747221万元；4.判令三元公司支付30%股权转让款的延期支付违约金2146.5万元及其同期银行贷款利息；5.判令三元公司赔偿昌晋苑公司因管理失误给昌晋苑公司造成的应得经济利益损失2000万元；（以上一至五项合计：103254.30886万元）6.诉讼费用全部由被告承担。本案第一次一审中，经一审法院释明，昌晋苑公司明确第一项诉讼请求为：判令三元公司在51%股权范围内补齐21%的股权对价31500万元。本院发回重审后，昌晋苑公司变更诉讼请求为：1.判令三元公司支付昌晋苑公司在小常煤业公司的21%股权的对价31500万元；2.确认小常煤矿公司2012年1月至8月的利润15434.297747万元全部归昌晋苑公司享有，2012年9月之后（包括9月）至三元公司向昌晋苑公司付清31500万元21%股权对价款之前小常煤业公司的利润按昌晋苑公司70%（2012年9月—12月、2013年—2019年度、2020年1—3月的70%利润总额为81773.629228元）和三元公司30%实际出资比例享有；3.判令三元公司退还昌晋苑公司2011年分红款20300.747221万元；4.判令三元公司支付30%股权转让款的延期支付违约金2146.5万元及其同期银行贷款利息；5.判令三元公司赔偿昌晋苑公司因管理失误给昌晋苑公司造成的应得经济损失2000万元。6.诉讼费全部由二被告承担。2020年7月16日，一审法院法庭辩论结束之后，昌晋苑公司向一审法院提交《补充诉请书》称，由于山西省人民政府发出了《山西省人民政府办公厅关于加快省属国有企业“腾笼换鸟”促进国有资本优化布局的实施意见》（晋政办发〔2020〕53号）规定，国有控股但非“真出资、真控股、真管理”的煤炭企业原则上全部转让，取消煤矿办矿主体资格和办矿主体变更的限制，这导致原一审释明理由已发生实质性变更，而且当前诉请与53号文件的内容、精神矛盾，故提出补充诉请为：1.收回原一审中法庭释明后，对诉讼请求的变更；2.坚持三元公司出资4.5亿元占的30%股权，昌晋苑公司以资产10.5亿元占70%股权的原诉请；3.依据《中华人民共和国公司法》规定，三元公司从实际完成出资时间的2012年8月28日起，计算股权及其分红。之前，小常煤矿的所有收益归昌晋苑公司所有。昌晋苑公司上述变更诉讼请求申请未获一审法院准许。
一审法院经审理查明如下事实：
（一）关于被整合主体小常煤矿的主体变更事实
2002年，长治市郊区南村村委、郭小苏、申跃文等成立长治市郊区小常矿业开发中心，2006年将名称变更为“长治市郊区小常矿业开发有限公司”，2007年11月，名称又变更为“山西南耀集团小常矿业有限公司”，其股东为山西南耀小常漳泽集团有限公司、郭小苏等人。
之后因长治市郊区人民政府向社会招商引资，小常矿业公司投资建设了小常煤矿。2007年4月，小常煤矿在山西省工商局注册登记，登记性质为全民所有制，注册资金人民币1000万元。但长治市郊区人民政府批复确认小常矿业公司系小常煤矿的投资主体。2012年10月因三元公司整合小常煤矿结束，小常矿业公司未参加工商年检，经股东会决定清算注销小常矿业公司。小常矿业公司于2012年12月15日在工商局进行了注销登记，同时授权昌晋苑公司承继其权利义务。2012年3月5日，由于小常煤业公司无法正常进行工商登记，长治市郊区人民政府召开专题会议，做出《关于小常煤矿更换营业执照有关问题的会议纪要》，对以下问题进行了明确：1.小常煤矿筹建之初，由于财政困难，采取了招商引资方式，引进民间资本，按照现代企业制度组建股份有限公司并开展建设，于2006年投产，规模达到90万吨。由于国家政策规定“90万吨规模属于国家规定的大型矿井，只允许国有企业办矿”，民间资本无法登记注册。为帮助企业早日运营，促进地方经济发展，于2007年4月借用全民性质，通过区财政平台申请注册登记了企业法人营业执照，小常煤矿的1000万元注册资金实际来源于小常矿业公司，经财政渠道注入资金，后由区财政局汇入了小常煤矿账户，区财政事实上未给小常煤矿投入资金。2.根据2010年长治市产权交易中心的资产认定和2010年4月16日《长治市郊区人民政府关于对〈关于确认长治市郊区小常煤矿资产所有权界定报告的请示〉的批复》（郊政函〔2010〕21号），已作出“从筹建至2009年12月31日，长治市郊区小常煤矿所有资产属于山西南耀集团小常矿业有限公司”的界定结论。鉴于以上情况，会议议定：“为帮助小常煤矿更换营业执照，促进企业更好更快发展，同意区财政局出具工商部门要求的《关于同意长治市郊区小常煤矿改制为山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司的批复》”。2012年3月6日长治市郊区财政局出具了《关于同意长治市郊区小常煤矿改制为山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司的批复》。2012年3月7日长治市郊区人民政府出具了《关于同意长治市郊区小常煤矿改制为山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司的批复》。2012年3月8日，长治市郊区财政局分别与昌晋苑公司、三元公司签订了《长治市郊区小常煤矿转让协议书》。2012年3月27日，山西省工商行政管理局核准，小常煤矿企业名称变更为小常煤业公司，注册资本为3.5亿元，股东为三元公司和昌晋苑公司，三元公司持股51%，昌晋苑公司持股49%。
（二）关于小常煤矿被整合的事实
2006年，山西省国资委下发《关于省属企业收购地方煤矿有关问题的通知》（晋国资产权〔2006〕94号），主要内容为：“省属国有企业及其子（分）公司收购地方煤矿时，必须达到控股比例（51%及以上）；资产评估结果，须履行核准或者备案程序”。2008年，山西省政府发布了《关于加快推进煤矿企业兼并重组的实施意见》（晋政发〔2008〕23号），该文件要求，支持省属大型煤矿企业“作为主体兼并重组中小煤矿、控股办大矿”。山西省煤矿企业兼并重组整合工作领导组2009年第8次《会议纪要》要求“省属国有煤炭企业及其子公司，在地方煤矿中的投资比例须在51%以上”；山西省煤矿企业兼并重组整合领导组作出《关于长治市郊区煤矿企业兼并重组整合方案的批复》（晋煤重组办发［2009］50号），批准由三元公司作为主体企业，对长治市郊区小常煤矿（小常煤业公司的前身）实施政策性兼并重组整合。
2009年8月5日，小常煤矿与三元公司签订《煤矿企业重组协议》，约定：“一、公司形式：新设立的山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司为有限责任公司，投资各方以各自认缴的出资额为限对公司的债权债务承担责任。各方按其出资比例分享利润，分担风险及亏损。二、投资方式及注册资本：甲乙双方以货币出资。新成立的公司注册资本为2000万元，其中甲方（三元公司）出资1020万元，乙方出资980万元。七、补充协议：本协议未尽事宜由双方签订补充协议书进行完善，补充协议与本协议具有同等法律效力”。
同日，双方还与长治市郊区人民政府签订《煤矿企业重组三方补充协议》约定：“乙（三元公司）、丙（小常煤矿）双方于2009年8月5日签订‘煤炭企业重组协议书’，约定双方共同出资设立‘山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司’，其中乙方出资注册资金人民币1020万元，占注册资本51%，丙方出资注册资金人民币980万元，占注册资本的49%。现乙丙双方对新公司成立后的投资比例做如下约定：一、新公司成立后，乙方同意向丙方进行股份转让，依法完成相关变更登记手续。二、乙方同意转让21%，转让后乙方相对控股，转让后股东比例如下：三元公司30%、南村村委29%、申跃文20%、郭小苏10%、郭齐红11%。三、本补充协议对原协议（‘煤矿企业重组协议书’）变更部分，执行本补充协议。四、长治市郊区人民政府负责协调落实长治市郊区小常煤矿全面改制工作”。
同年11月，三方又签订《兼并重组煤矿采矿权转让合同》约定：“一、甲方（小常煤矿）同意将其采矿权一次性转让给小常煤业公司，依法评估确认转让价款，该转让价款作为甲方向小常煤业公司的投资。……五、小常煤业由甲方（小常煤矿）、丙方（三元公司）出资组建，其中甲方小常煤矿出资700万元占资源总量的70%；丙方三元公司出资300万元占资源总量的30%；六、小常煤矿与小常煤业公司双方承诺，三元公司在小常煤业公司中占股份30%，自采矿权许可证颁发后两年内，不发生逆向变化……”。长治市郊区人民政府在合同上盖章、区长张治云签字，小常煤矿法定代表人李兴宏签字盖章、三元公司法定代表人孔祥惠签字盖章、小常煤业公司的代表孔祥惠签字盖章。
因2009年达成的协议不符合煤炭整合政策的要求，没有实际履行，双方又重新进行协商。
2010年7月12日，小常矿业公司和小常煤矿（甲方）与小常煤业公司（乙方）、三元公司（丙方）协商签订《煤矿资产转让协议》，该协议约定了转让资产范围、标的、价格、资产登记过户、转让资产移交、支付方式和期限、协议生效后的资产收益、劳动用工、双方声明、保证与承诺、双方权利与义务、违约责任、不可抗力、有关税费承担、保密条款、其他条款、协议生效、协议文本等十七条内容。其中，第一条“转让资产范围”约定，甲方将其所持有的小常煤矿的采矿权、矿井设备、土地使用权、建筑物所有权等相关资产转让给乙方。第二条“转让标的”约定，甲方转让乙方的资产标的包括小常煤矿的采矿权、由山西世信资产评估公司出具资产评估报告所确认的该煤矿实物资产及相应的各种证件。第三条“转让资产价格”约定，经估价协商，一致同意本次资产转让的价款为人民币拾伍亿元整。此次资产转让成交定价的依据是：1.甲方实物资产总计55785.65万元，该实物资产的最终转让价格以省国资委或国资授权的主体企业对评估报告核准的数额为准。2.采矿权价款按省政府文件保有会计师的1.5倍计算应补偿56194.28万元，剩余资源储量及补偿以国土部门批准的整合后煤矿的储量核实报告为准。3.溢价按山西世信资产评估公司出具的资产评估报告中实物资产总计55785.65万元的68.15%计算为38020.07万元，最终以省国资委或国资委授权的主体企业对评估报告核准的数额为准。第十条“双方权利与义务”约定，乙方、丙方按约定向甲方支付资产转让价款。三元公司总经理孔祥惠在该协议上签字，并加盖公章，小常煤矿和小常矿业公司未在该协议上签字盖章。
为了完成整合，甲方（小常矿业公司与小常煤矿）、乙方（三元公司）又签订了《补充协议书》，该协议书约定：甲方、乙方于2009年8月5日签订“煤矿企业重组三方补充协议”，又于2010年7月12日签订了“煤矿资产转让协议”，现双方就资产转让协议相关内容进一步协商，进行如下补充修改，达成以下条款：“第一条，资产范围及价格：1.转让资产价格十五亿人民币，截止2009年11月30日（评估报告基准日），之后新增资产不在此范围，具体价格和移交双方在实际移交前协商。2.转让资产价格经协商一致，双方予以确认，其中70%（105000万元）作为甲方向新公司的出资，该出资额记入新公司章程，新公司成立后，新公司、股东及本协议任何一方均不得以实际价格与章程记载不符，对甲方行使抗辩权。第二条，资产重组比例：根据对控股主体的相关比例要求，及2009年8月5日签订的‘煤矿企业重组三方补充协议’，甲方70%股份由甲方产权人（小常矿业公司）委派股东分别持股：长治市郊区南村村民委员会持股29%；申跃文持股20%；郭齐红持股11%；郭小苏持股10%。乙方持股比例为30%。第三条，转让价款的支付：按双方约定的持股比例，乙方占30%计算，应付甲方转让价款4.5亿元，转让价款支付按以下方式执行：1.首期支付：本协议签订3日内，支付60%（2700万元），打入甲方指定账户；2.第二期支付：资产移交3日内，支付20%（9000万元），打入甲方指定账户；3.第三期支付：新公司登记之日起7日内，支付剩余的20%（9000万元）。……第九条，变更补充：1.本补充协议对‘资产转让协议’变更补充部分，以本补充协议为准。2.本补充协议签订后，经双方协商一致，可以对协议进行必要的变更和补充，但必须以书面形式进行……”。三元公司于2010年7月12日签字盖章，小常矿业公司与小常煤矿于2010年11月5日签字盖章。
2010年9月30日山西省煤炭运销集团有限公司煤矿企业兼并重组整合工作领导组办公室出具《关于对山西煤炭运销集团三元公司煤业股份有限公司拟收购长治市郊区小常煤矿实物资产评估项目予以核准的函》（晋煤销重组评审函〔2010〕30号）载明，小常煤矿资产评估核准的金额为35016.79万元。该函中明确该评估价款不包含矿业权。
2010年10月20日，长治市郊区煤炭工业局的《会议纪要》中载明：“三元煤业有限公司总经理孔祥惠在汇报郊区小常煤矿、吉安煤业兼并重组整合重组情况时说：‘……郊区小常煤矿资产评估双方已确认15亿元，三元应注入资金7.6亿多元，但小常煤矿不在转让协议上签字，拒绝接收资金……’”。
2010年10月30日，长治市郊区政府做出《专题会议纪要》。其内容为：根据政府对煤矿企业兼并重组整合的要求，三元公司于2010年11月1日起对小常煤矿实质性接管。新公司班子组成事宜，双方议定新公司董事会由7人组成，其中南耀集团4人，三元公司2人。
2011年6月11日，三元公司向小常煤矿账户分三次支付共计4.5亿元。2016年4月21日昌晋苑公司出具《关于收到三元南耀小常煤业净资产及股权转让款说明》，主要内容为：昌晋苑公司于2012年2月27日至2012年8月28日，收到小常煤业公司分四笔支付的净资产转让价款、股权转让款及资源价款共计4.5亿元。
2011年12月28日，昌晋苑公司（甲方）、小常煤业公司（乙方）、三元公司（丙方）签署了《利润分配协议》，对2011年—2014年的利润分配作了约定：“根据2010年度乙方生产经营情况，乙方2011年度向甲方分配股利为5.7亿元；从2012年开始按产量计算优先向甲方分配股利，乙方原煤产量达到200万吨/年，且原煤销售价格（含税）达到850元/吨，乙方每年给甲方分取股利6亿元；原煤产量在200万吨/年的基础上每增减10万吨，且销售价格达到850元/吨，股利相应增减2000万元，公司剩余利润归丙方所有……”。
2012年2月11日，小常煤业公司召开股东大会，形成了《一届一次股东会决议》，股东三元公司和昌晋苑公司均签字盖章。该股东会决议中，第10项内容为两股东全票通过了《关于山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司2010年和2011年利润分配方案》。利润分配方案中载明：“根据公司法等相关法律、法规规定及股东双方签署的《山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司关于安全生产经营管理及利润分配协议书》规定，公司2011年度财务决算报告实现净利润788754967.66元，提取法定盈余公积747495.45元，提取任意盈余公积5000000元，公司可供分配利润为773007472.21元，应分配红利总额为人民币773007472.21元，其中三元公司应分配203007472.21元，昌晋苑公司应分配570000000元”。昌晋苑公司实际领取了2011年红利57000万元，三元公司实际领取2011年红利10000万元。
2015年9月27日，山西三元公司资产管理公司向长治市郊区区委及区政府出具了《关于山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司兼并重组及经营管理情况的说明》（三元公司资产政字〔2015〕14号）。内容主要为：“一、经营管理和利润分配情况，截止2015年8月，小常煤业公司累计未分配利润662784568.91元，2012年至今小常煤业公司未进行利润分配。二、我公司为支持小常煤业公司所做的工作，在接管后五年中，我公司和上述派驻人员为小常煤业公司的安全生产发展倾注了大量心血，作出了重大的贡献，并取得了显著的成绩…三、存在的问题：1.未经董事会批准，为其下属单位赊销煤炭，无偿占用公司资金；2.不履行股东会决议事项，长期无偿占用我公司资金；3.委托贷款到期，迟迟不予归还；4.代郊区政府支付关闭煤矿补偿款项”。
一审法院认为，本案的争议焦点为：1.昌晋苑公司的诉讼请求能否合并审理；2.三元公司是否应向昌晋苑公司支付31500万元股权转让价款；3.昌晋苑公司主张的4.5亿元的逾期违约金和利息应否支持；4.昌晋苑公司主张应退还的2011年分红款和2012年之后的利润分配应否支持；5.三元公司应否赔偿昌晋苑公司2000万损失。
关于第一个焦点，本案昌晋苑公司的诉讼请求能否合并审理的问题，三元公司主张昌晋苑公司要求支付股权转让对价款和逾期付款的违约金，属于股权转让纠纷；要求退还分红款和确认分红的诉请，应属于公司盈余分配纠纷；而其主张赔偿损失的诉请，则属于损害股东利益责任纠纷。三种纠纷的法律关系不同，参与诉讼的主体不同，不应并案处理。昌晋苑公司认为可以合并审理，双方在煤炭资源整合期间签订的协议是双方之间纠纷的起因和基础，在此基础上引起的合同违约纠纷、与公司有关的纠纷，均是相同主体之间的关联纠纷，合并审理有利于节省诉讼资源。小常煤业公司同意合并审理，一并解决双方之间的纠纷。
一审法院认为，同一原告对相同被告基于相同的事实提出数个请求，虽法律关系不同，但都属于受诉人民法院管辖且适用同一诉讼程序审理的，可以进行合并审理。诉的合并对于减轻当事人诉累、节省司法资源、尽量一次性解决纠纷、避免出现矛盾裁判有积极意义。本案中，双方就是基于对煤炭资源整合过程中达成的整合协议的履行产生纠纷，致使在整合后的股权比例与分红等相关事宜亦均产生了纠纷，可以合并审理，以减轻当事人的诉累。
关于第二个焦点，三元公司是否应当支付31500万元股权转让价款问题，昌晋苑公司认为，双方履行的是《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》的约定，小常煤矿转让资产价格15亿元人民币，三元公司支付小常矿业公司4.5亿元，占股为30%。工商登记持股51%以及双方与长治市郊区财政局签订的协议是为了完成整合要求和工商登记，长治市郊区政府的会议纪要可以证明。对三元公司多持的21%的对价实为昌晋苑公司的出资，应依法予以返还。
三元公司对于持股比例的问题，首先认为昌晋苑公司的起诉超过了诉讼时效。对于事实方面在本次诉讼中有三种抗辩主张，第一种主张为：因小常煤矿工商登记为全民所有制企业，及当时整合政策要求整合主体51%控股等因素，双方于2010年签订的《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》无法履行。后经长治市郊区人民政府批准，将小常煤矿改制为小常煤业公司，双方分别与长治市郊区财政局签订了《转让协议书》，核准小常煤矿净资产总额35046.06万元，其中17150万元转让给昌晋苑公司，占股49%，17896.06万元转让给三元公司，占股51%，并完成了工商登记，不存在21%股权对价未支付的问题。第二种主张为：如果双方履行的是2010年签订的《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》，按照《煤矿资产转让协议》的约定，转让价款为15亿元，包括三部分：1.实物资产55785.65万元，2.采矿权价款56194.28万元，3.溢价款为实物资产的68.15%即38020.07万元。第1项和第3项均约定最终转让价格以省国资委或国资委授权的主体企业对评估报告核准的数额为准。第1项实物资产经核准为35016.79万元，第2项长治市郊区土地局出具证明为48778.41万元，第3项没有被核准，没有文件依据不应支持，故最终资产转让价款应为83795.2万元，83795.2万元的51%为42735.552万元，其已经实际支付了4.5亿元，不存在21%股权对价未支付的问题。第三种主张为：如果履行的是《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》，即使认定溢价，其应为实物资产35016.79万元的68.15%，即23863.94万元，三元公司应支付的价款亦不应为31500万元。
小常煤业公司的法定代表人牛旭平认可三元公司的意见，其委托诉讼代理人张玉梅认可昌晋苑公司的意见。
一审法院认为，1.关于三元公司抗辩昌晋苑公司起诉超过诉讼时效的问题，因其在2016年第一次一审时，并未提出诉讼时效的抗辩，且双方的纠纷一直存在，昌晋苑公司并未放弃主张权利，故三元公司的该项主张，不予支持。
2.判断昌晋苑公司是否应当支付21%的股份对价，首先要认定三元公司整合小常煤矿履行的是哪一份协议。从三元公司的反驳意见看，其对于本案究竟履行的是哪一份协议，有几种不同的说法和观点，与国有企业的规范管理的行为要求不符，且其所主张与所查明的案件事实亦不符，三元公司接管煤矿数年之久，也进行了一次分红，在诉讼中不能确定履行的是哪份协议，不符合常理。从一审法院查明的事实看，虽然工商档案登记的信息和材料显示，昌晋苑公司和三元公司分别与长治市郊区财政局签订《长治市郊区小常煤矿转让协议书》，从而取得小常煤业公司49%和51%的股权。但长治市郊区人民政府办公室作出的《关于小常煤矿更换营业执照有关问题的会议纪要》证明，《长治市郊区小常煤矿转让协议书》及相关工商档案中的报批材料只是为了帮助小常煤矿更换营业执照进行登记之用，长治市郊区财政局没有给小常煤矿投资，而三元公司与昌晋苑公司亦均认可，未向长治市郊区财政局支付过转让款。原一审和本次审理中，一审法院对此都进行了充分地调查了解，该事实能够予以确认。故一审法院认为，昌晋苑公司与三元公司并未实际履行与长治市郊区财政局签订的《长治市郊区小常煤矿转让协议书》。三元公司关于双方实际履行的是两份《长治市郊区小常煤矿转让协议书》的理由，不予采信。
关于2010年小常矿业公司、小常煤矿、小常煤业公司与三元公司签订《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》的问题，一审法院认为，《煤矿资产转让协议》上载明的日期是2010年7月12日，三元公司的总经理孔祥惠在该协议上签字，并加盖了三元公司的公章。但小常煤矿、小常矿业公司均没有签字盖章。小常煤矿、小常矿业公司当时具体承办此事的代表郭小苏称，是因为该协议的内容有很多不合法、不合理的地方，所以其拒绝签字，并退出了签字仪式。后在政府部门的推动下，经过进一步协商，形成了2010年10月20日和10月30日的两份《会议纪要》。《补充协议书》上载明的日期亦为2010年7月12日，但郭小苏代表小常矿业公司、小常煤矿签字并盖章的日期为2010年11月5日，对此郭小苏陈述原因为，《煤矿资产转让协议》未签字后，经政府部门协调及双方进一步协商后，形成了新的合同内容，其于2010年11月5日在《补充协议书》上签字盖章。上述两份协议的签署过程，郭小苏的陈述符合客观实际，一审法院予以确认。两份协议系各方当事人真实意思表示，没有违反法律的效力性强制性规定，应为合法有效的协议。《补充协议书》第一条资产范围及价格约定：“1.1转让资产价格15亿，截止2009年11月30日，之后新增资产不在此范围，具体价格和移交双方在实际移交前协商。1.2转让资产价格经协商一致，双方予以确认，其中70%（105000万元）作为甲方向新公司的出资，该出资额记入新公司章程，新公司成立后，新公司、股东及本协议任何一方均不得以实际价格与章程记载不符对甲方行使抗辩权。”第三条转让价款的支付约定：“按双方约定的持股比例，乙方占30%计算，应付甲方转让价款4.5亿元。”三元公司在协议签订之后支付了4.5亿元，与《补充协议书》约定相符。从本案双方当事人在整个煤炭整合过程中的协商情况看，长治市郊区煤炭工业局2010年10月20日召开会议，形成的《会议纪要》中载明：“三元公司总经理孔祥惠在汇报郊区小常煤矿、吉安煤业兼并重组整合重组情况时说：‘郊区小常煤矿、郊区吉安煤业总体进展情况不好，小常煤矿资产评估双方已确认15亿元，三元应注入资金7.6亿多元，但小常煤矿不在转让协议上签字，拒绝接收资金……’”。双方于2011年11月28日签署的《利润分配协议》中，关于利润分配的约定基本符合7：3的股权比例，上述事实均说明双方实际履行的是2010年签订的《煤矿资产转让协议》和《补充协议书》。
3.关于双方的持股比例问题，2006年山西省国资委下发《关于省属企业收购地方煤矿有关问题的通知》（晋国资产权〔2006〕94号），其主要内容为：“省属国有企业及其子（分）公司收购地方煤矿时，必须达到控股比例（51%及以上），资产评估结果，须履行核准或者备案程序”。2008年的山西省政府（晋政发〔2008〕23号）《关于加快推进煤矿企业兼并重组的实施意见》中要求，支持省属大型煤矿企业“作为主体兼并重组中小煤矿、控股办大矿”。山西省煤矿企业兼并重组整合工作领导组2009年第8次《会议纪要》要求“省属国有煤炭企业及其子公司，在地方煤矿中的投资比例须在51%以上”等规定，虽然昌晋苑公司出资应占70%，但现在小常煤业公司的各股东在工商登记中的股权比例为：三元公司占51%，昌晋苑公司占49%，符合上述山西省煤炭资源整合政策的规定，且昌晋苑公司本次诉讼请求也要求三元公司支付21%的股权差价，故对昌晋苑公司和三元公司的股权比例，一审法院不予调整。
4.关于资产转让价款的数额问题，《煤矿资产转让协议》约定实物资产价款和溢价款的最终转让价格以省国资委或国资委授权的主体企业对评估报告核准的数额为准。但《补充协议书》约定，补充协议对“资产转让协议”变更补充部分，以补充协议为准。根据《中华人民共和国合同法》第七十七条的规定：“当事人协商一致，可以变更合同。”《补充协议书》仅约定了资产转让款为15亿，并没有约定要经国资委核准，属于对《煤矿资产转让协议》的变更，且在2010年10月20日长治市郊区煤炭工业局召开的会议上，三元公司总经理孔祥惠在汇报郊区小常煤矿、吉安煤业兼并重组整合重组情况时称，小常煤矿资产评估双方已确认15亿元，三元应注入资金7.6亿多元。故一审法院认为，案涉资产转让款应为15亿元。三元公司支付了4.5亿元，占股30%，对于其多持的21%股权，实际是小常煤矿和小常矿业公司使用资产转让价款进行的出资，三元公司应向小常煤矿和小常矿业公司的权利受托人昌晋苑公司支付相应的对价，按比例计算为150000万元×21%＝31500万元。故对昌晋苑公司要求三元公司支付21%股权的对价款31500万元的请求，予以支持。
关于第三个焦点，昌晋苑公司主张的4.5亿元的逾期违约金和利息应否支持的问题，昌晋苑公司主张三元公司未按协议约定的时间支付4.5亿元，已构成违约，应按日万分之一承担违约金及利息。三元公司抗辩称，其是在确定了转让价款之后支付的4.5亿元，不存在违约，违约金的主张已经超过诉讼时效，不应得到支持，且昌晋苑公司主张的违约金金额过高，不应与利息损失同时主张。
一审法院认为，1.关于诉讼时效问题，因三元公司在2016年本院第一次一审时，并未对该问题提出诉讼时效的抗辩，其在重审中提出诉讼时效的抗辩，不予支持。2.关于违约责任问题，小常煤矿与小常矿业公司于2010年11月5日在《补充协议书》上签字盖章之后，小常煤业公司的工商登记以及确定登记股权比例的问题一直得不到解决，2012年3月，在长治市郊区政府的协调下才得以解决，直到2012年3月27日，小常煤业公司才完成工商登记。昌晋苑公司对于三元公司的付款亦一直没有提出异议。三元公司不存在过错，不应承担违约责任。故昌晋苑公司的该项请求，不予支持。
关于第四个焦点，昌晋苑公司主张退还2011年分红款和确认2012年之后的利润分配应否支持的问题，昌晋苑公司认为，2011年三元公司投资款未支付，不应分利润，已经取得的利润应予返还昌晋苑公司。2012年1月—8月的利润亦应归昌晋苑公司，2019年9月至三元公司补足股权对价之前，利润均应按70%分配给昌晋苑公司。三元公司抗辩主张，2011年的利润分配经过股东会议决定，不应退还，且其实际仅领取了10000万元利润。2012年以后的利润，双方没有形成股东会决议，不具备分配条件。小常煤业公司法定代表人同意三元公司的意见，小常煤业公司的委托诉讼代理人同意昌晋苑公司的意见。
一审法院认为，1.关于2011年的分红款问题，2011年12月28日，昌晋苑公司与三元公司、小常煤业公司达成了《利润分配协议》，该协议明确约定，小常煤业公司2011年度向昌晋苑公司分配股利为57000万元。2012年2月11日，《一届一次股东会决议》中第10项内容即是两股东全票通过了《关于山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司2010年和2011年利润分配方案》，股东会决议上，股东三元公司和昌晋苑公司均签字盖章。利润分配方案中载明：“根据公司法等相关法律、法规规定及股东双方签署的《山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司关于安全生产经营管理及利润分配协议书》规定，公司2011年度财务决算报告实现净利润788754967.66元，提取法定盈余公积747495.45元，提取任意盈余公积5000000元，公司可供分配利润为773007472.21元，应分配红利总额为人民币773007472.21元，其中山西三元公司应分配203007472.21元，昌晋苑公司应分配570000000元。”根据《中华人民共和国公司法》第三十四条规定：“股东按照实缴的出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外”。根据《中华人民共和国公司法》第一百六十六条的规定：“公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金。公司法定公积金累计额为公司注册资本的百分之五十以上的，可以不再提取。公司的法定公积金不足以弥补以前年度亏损的，在依照前款规定提取法定公积金之前，应当先用当年利润弥补亏损。公司从税后利润中提取法定公积金后，经股东会或者股东大会决议，还可以从税后利润中提取任意公积金。公司弥补亏损和提取公积金后所余税后利润，有限责任公司依照本法第三十四条的规定分配；股份有限公司按照股东持有的股份比例分配，但股份有限公司章程规定不按持股比例分配的除外。股东会、股东大会或者董事会违反前款规定，在公司弥补亏损和提取法定公积金之前向股东分配利润的，股东必须将违反规定分配的利润退还公司。公司持有的本公司股份不得分配利润”。2011年的利润分配方案，经股东会决议通过，符合公司法的规定，应为合法有效。昌晋苑公司现主张不按该分配方案分配利润的主张，没有事实和法律依据，不予支持。2.关于2012年之后的利润分配问题，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（四）》第十五条规定：“股东未提交载明具体分配方案的股东会或者股东大会决议，请求公司分配利润的，人民法院应当驳回其诉讼请求，但违反法律规定滥用股东权利导致公司不分配利润，给其他股东造成损失的除外”，以及《中华人民共和国公司法》第一百六十六条的规定，本案中，双方对于利润分配没有形成股东会或股东大会决议，昌晋苑公司提供的《关于山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司兼并重组及经营管理情况说明》中指出，股东之间还有其他纠纷导致利润一直未分配，并且昌晋苑公司及小常煤业公司均未提交是否依法提取法定公积金、任意公积金以及是否弥补亏损的相关证据，故一审法院认为昌晋苑公司起诉小常煤业公司与三元公司请求分配利润的条件不具备，对其该项请求，不予支持，待条件成就时，昌晋苑公司可另行主张。
关于第五个焦点，三元公司应否赔偿昌晋苑公司2000万元损失的问题。昌晋苑公司所提供的《关于山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司兼并重组及经营管理情况的说明》并未反映出三元公司存在重大管理失误，三元公司举证证明其作为整合主体为小常煤业公司承担了大量责任和义务。昌晋苑公司未提供充分的证据证明其损失数额2000万元的具体依据，作为主张的一方，其应承担举证不利的后果，故对于昌晋苑公司的该项诉讼请求，不予支持。
一审法院判决：（一）三元公司在判决生效后十日内支付昌晋苑公司股权差价款3.15亿元；（二）驳回昌晋苑公司的其他诉讼请求。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审案件受理费7699558.71元，由昌晋苑公司负担5389691元，由三元公司负担2309867.71元。
本院二审期间，当事人围绕上诉请求提交了证据。本院组织当事人进行了证据交换和质证。
昌晋苑公司提交了两组新证据。第一组证据为：山西煤炭运销集团长治有限公司与山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司于2011年9月7日签订的《协议书》、山西煤炭运销集团长治有限公司合同执行通知单、公路销售（出库）结算单、专用收据以及增值税专用发票等，《山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司“关于银行账户暂缓上划归集的情况说明”》《中国农业银行网上银行电子回单》，证明目的为三元公司通过收取服务费、控制销售、资金上划、挪用巨额资金等方式侵犯股东权益。第二组证据为：《山西省人民政府办公厅<关于加快省属国营企业“腾笼换鸟”促进国有资本优化布局的实施意见>》（晋政办发〔2020〕53号），证明目的为山西省新政策已经不再对当事人持股比例予以限制。
三元公司质证认为，对第一组证据的证明目的不予认可，该组证据均是小常煤业公司与山西煤炭运销集团长治有限公司之间的业务往来，与三元公司无关。对第二组证据真实性认可，证明目的不予认可，小常煤业公司不具备实施“腾笼换鸟”政策的基础，能否进行股权转让，需要山西省国资委行政审批后才能决定。小常煤业公司对上述证据的真实性无异议，证据的证明力由法院认定。本院对上述证据的真实性、合法性、关联性予以确认。上述证据是否能够证明昌晋苑公司主张的事实，本院将结合案件事实一并予以评判。
小常煤业公司提供了三份新证据：第一份证据为采矿权人为小常煤业公司的采矿许可证，载明发证日期为2009年11月24日，有效期限2009年11月24日至2011年11月24日。第二份证据为小常煤业公司安全生产许可证，载明发证日期2010年2月5日。第三份证据为小常煤业公司煤炭生产许可证，载明发证日期2010年12月21日。上述三份证据证明目的为小常煤矿的采矿权在煤炭企业重组整合时已经登记在小常煤业公司名下。
昌晋苑公司质证认为，小常煤业公司提交的上述新证据符合真实性、合法性、关联性，且印证了案涉小常煤矿采矿权转让这一事实。三元公司对小常煤业公司提供的上述证据真实性、关联性予以认可，对证明目的不予认可。本院对上述证据的真实性、合法性、关联性予以确认。
本院二审对一审查明的事实予以确认。
本院二审庭审中，就昌晋苑公司在上诉状中所列一审法院对其在法庭辩论终结后变更的诉讼请求未审理问题，昌晋苑公司明确表示坚持维持一审判决第一项的意见，不再主张确认三元公司股权比例为30%的请求。
本院二审另查明，2009年11月24日，小常煤业公司取得案涉矿区的采矿权。
本院认为，本案的争议焦点问题为：（一）三元公司是否应向昌晋苑公司支付3.15亿元股权转让价款；（二）小常煤业是否应当分配利润以及如何分配利润；（三）三元公司是否应当就迟延支付4.5亿元股权转让款承担违约金、利息以及利息的具体金额；（四）昌晋苑公司起诉是否超过诉讼时效期间。
（一）关于三元公司是否应向昌晋苑公司支付3.15亿元股权转让价款问题
1.虽然《补充协议书》使用了资产转让的表述，但合同各方当事人之间系股权转让而非资产转让法律关系。首先，作为名义上受让人的小常煤业公司并非《补充协议书》合同主体，亦未在合同上签字。其次，小常煤业公司系经由小常煤矿改制，双方构成权利义务承继关系而非资产转让关系。再次，早在《补充协议书》签订前的2009年11月，小常煤业公司就已经取得案涉采矿权，客观上无法发生资产转让的事实。根据《补充协议书》关于三元公司应向小常矿业公司付款及双方股权比例分配的约定，再结合山西煤矿整合的大背景和各方此前签订的《煤矿企业重组协议》《煤矿企业重组协议三方补充协议》以及小常煤矿和小常矿业公司未签字的《煤矿资产转让协议》等一系列协议，《补充协议书》属于股权转让合同。即小常矿业公司将其对小常煤矿的股权部分转让给三元公司并将公司更名为小常煤业公司，三元公司则以资产转让款的名义完成股权转让对价的给付。三元公司认为《煤矿资产转让协议》《补充协议书》属于采矿权转让合同、并主张该合同因未经自然资源主管部门审批而未生效,缺乏事实与法律依据，本院不予支持。
2.《补充协议书》第一条“资产范围及价格”约定，1.转让资产价格15亿人民币，截至2009年11月30日（评估报告基准日），之后新增资产不在此范围，具体价格和移交双方在实际移交前协商。2.转让资产价格经协商一致，双方予以确认，其中70%作为小常矿业公司向新公司的出资，该出资额记入新公司章程，新公司成立后，新公司、股东及本协议任何一方均不得以实际价格与章程记载不符，对小常矿业公司行使抗辩权。第三条“转让借款的支付”约定，按双方约定的持股比例，三元公司占30%计算，应付小常矿业公司转让价款4.5亿元……。根据上述合同约定，昌晋苑公司持有小常煤业公司股权70%，三元公司持有小常煤业公司股权30%，三元公司应支付4.5亿元转让款的对价为30%的股权。此后，由于整合政策的要求，三元公司经工商登记持股为51%。三元公司应当向昌晋苑公司支付超出合同约定部分21%股权对价3.15亿元。
三元公司虽主张《煤矿资产转让协议》约定的资产转让款15亿元因未经省国资委或国资委授权的主体企业评估而无法确定，但小常煤矿和小常矿业公司未在《煤矿资产转让协议》签字、盖章，合同未成立。其后签订的《补充协议书》则未再涉及该部分内容。在履行过程中，当事人各方亦未履行《煤矿资产转让协议》中关于报请相关部门审批的内容。三元公司按照《补充协议书》的约定向小常煤矿支付了相应的4.5亿元股权转让款。昌晋苑公司关于小常矿业公司之所以未在《煤矿资产转让协议》签字就是因为不同意该评估条款、故而在后续《补充协议书》中予以变更的陈述，与长治市郊区煤炭工业局的《会议纪要》载明的内容相印证，具有较强可信度和合理性，本院予以采信。根据《补充协议书》关于“本补充协议对‘资产转让协议’变更补充部分，以本补充协议为准”的约定，上述15亿元为当事人确定的最终转让金额。三元公司关于资产转让款15亿元需经审批确定的主张，依据不足，本院不予支持。
三元公司虽主张案涉股权转让应以其与长治市郊区财政局签订的《长治市郊区小常煤矿转让协议书》为依据，但长治市郊区财政局并非小常煤矿投资主体，上述协议亦无转让价款等合同实质性条款且长治市郊区人民政府办公室作出会议纪要已确认该转让协议是为了帮助小常煤矿更换营业执照进行登记而签订。三元公司亦认可未向长治市郊区财政局支付过转让款。故三元公司该项上诉主张不能成立。三元公司又主张关于小常矿业的资产应为核准后的8.3824亿元、其支付4.5亿元已经超过了51%的持股比例，但并未提供充分证据证明，本院不予支持。
（二）关于小常煤业公司是否应当分配利润以及如何分配利润问题
1.关于2011年利润分配问题。2010年11月1日，三元公司对小常煤矿实质性接管。2011年6月11日，三元公司向小常煤矿账户分三次支付共计4.5亿元。2012年2月11日，小常煤业公司召开股东大会，形成了《一届一次股东会决议》，全票通过了《关于山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司2010年和2011年利润分配方案》，股东三元公司和昌晋苑公司均签字盖章。利润分配方案的主要内容为：公司2011年度财务决算报告实现净利润788754967.66元……应分配红利总额为人民币773007472.21元，其中三元公司应分配203007472.21元，昌晋苑公司应分配570000000元。根据该利润分配方案，三元公司实际领取2011年红利1亿元。三元公司领取该笔1亿元系经小常煤业公司股东会议决议。昌晋苑公司要求三元公司返还缺乏事实与法律依据，不能成立。昌晋苑公司虽主张三元公司于2012年2月至8月才支付对价4.5亿元、2011年并未实缴或认缴出资、无权参与利润分配，但小常煤业公司原系小常矿业公司独立投资设立，三元公司向昌晋苑公司支付的4.5亿元，并非是对小常煤业公司的出资，而是受让小常矿业公司对小常煤业公司30%股权的对价。三元公司何时向昌晋苑公司付款，与是否向小常煤业公司出资并无法律关联。在前述股东会决议合法有效的情况下，昌晋苑公司以三元公司支付股权转让款的时间晚于股东会决议时间为由主张三元公司无权取得2011年利润分配，本院不予支持。
2.关于2012年之后的利润分配问题。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（四）》第十五条规定，“股东未提交载明具体分配方案的股东会或者股东大会决议，请求公司分配利润的，人民法院应当驳回其诉讼请求，但违反法律规定滥用股东权利导致公司不分配利润，给其他股东造成损失的除外”。本案中，根据《山西长治郊区三元南耀小常煤业有限公司章程》，制定小常煤业公司利润分配方案和弥补亏损方案系董事会的职责。而小常煤业公司董事会由7人组成，其中昌晋苑公司4人，且董事长系昌晋苑公司委派。但昌晋苑公司并未举证证明其所委派的董事长或董事曾经要求召开董事会讨论利润分配事宜，亦未举证证明三元公司存在滥用股东权利导致公司不分配利润的行为。故一审判决昌晋苑公司关于利润分配以及三元公司返还分红款的主张未予支持并无不当，本院予以维持。
此外，昌晋苑公司关于责令小常煤业公司依法提供2012年1月—2020年3月所余税后利润并支付2011年利润分配款1.03亿元的上诉请求均超出一审诉讼请求范围，本院不予审理。
（三）关于三元公司是否应当就迟延支付4.5亿元股权转让款承担违约金、利息以及利息的具体金额问题
《补充协议书》于2010年11月5日经小常矿业公司和小常煤矿签字生效。根据协议的约定，三元公司应付的股权转让款4.5亿元须按照“协议签订3日内”“资产移交3日内”“公司登记之日起7日”分三期向小常矿业公司和小常煤矿指定账户支付。但昌晋苑公司并未举证证明其已依照合同约定及时向三元公司提供指定账户，且由于彼时小常煤矿正在整合，小常矿业公司也面临着注销，三元公司未能及时完成转让款的支付存在客观原因。故三元公司于2011年6月11日向小常煤矿账户支付股权转让款并不存在明显过错。一审法院判决驳回昌晋苑公司此项诉求，并无不当。
（四）关于昌晋苑公司起诉是否超过诉讼时效期间问题
《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条第一款规定：“当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，但其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外”。三元公司在本案第一次一审审理期间，并未就诉讼时效提出抗辩，其在本案已经过二审程序发回重审后主张诉讼时效已经经过，依据不足。且由于受到整合政策的影响，本案昌晋苑公司与三元公司股权比例存在由70%、30%到49%、51%的变化过程，双方就此一直存在争议，昌晋苑公司并不存在怠于行使权利的情形。三元公司主张昌晋苑公司提起本案诉讼已超过诉讼时效，本院不予支持。
综上，昌晋苑公司、三元公司的上诉请求均不能成立，应予驳回。一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。本院依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费6869606.46元，由山西南耀集团昌晋苑焦化有限公司负担5252806.46元，山西三元煤业股份有限公司负担1616800元。
本判决为终审判决。
审 判 长 宋春雨
审 判 员 朱 婧
审 判 员 叶 阳
二〇二一年六月三日
法 官 助 理 陆 阳
书 记 员 刘琪殊
转自：民事审判